Porcjunkula to najświętsze miejsce dla franciszkanów, ważniejsze niż San Damiano, ważniejsze nawet niż Bazylika św. Franciszka. Droga duchowa Biedaczyny z Asyżu zaczęła się w kościele św. Damiana, gdzie Święty usłyszał słowa Chrystusa: „Idź i napraw mój dom, który popada w ruinę”, ale prawdziwym miejscem, które ukochał, pulsującym sercem jego zakonu, gdzie oddał swe życie Bogu, była właśnie Porcjunkula.
Włochy, Dolina Spoletańska, ok. 2 km na południe od Asyżu, las, błotnista droga i mała kapliczka w ruinie. Początki tego miejsca sięgają IV wieku. Jak głosi podanie, kapliczkę tę ufundowali pielgrzymi wracający z Ziemi Świętej, nadając budowli imię Najświętszej Maryi Panny z Doliny Jozafata. Z czasem kapliczka przeszła na własność benedyktynów, którzy nieopodal na wzgórzu Subasio mieli swój klasztor. Od tego czasu kościółek jest pod wezwaniem Matki Bożej Anielskiej. Druga nazwa, znana już za czasów św. Franciszka i być może nawet przez niego nadana, to Porcjunkula.
Pochodzenie nazwy Porcjunkula ma dwa źródła. Pierwszym jest określenie piccola porzione – mała cząstka terenu, na którym wznosiła się kapliczka, należąca wówczas do bardzo rozległych dóbr benedyktynów. Drugi źródłosłów to piccola porzione di pietra – mała cząstka kamienia z grobu Matki Bożej. Ten fragment skały przywieźli z Ziemi Świętej pielgrzymi – fundatorzy kapliczki – i umieścili go jako relikwię w jednej ze ścian budowli.
Niestety, benedyktyni zaniedbali kościółek, który stał opuszczony i nie miał nawet dachu. Gdy Franciszek przybył w to miejsce, jego serce poruszyła litość, a ponieważ obdarzał Maryję wielką czcią i miłością, postanowił odbudować kapliczkę, co własnymi rękami uczynił.
W życiu Świętego był to czas, kiedy prawie trzy lata wcześniej usłyszał wezwanie Chrystusa, a rok potem wobec biskupa wyrzekł się swych dóbr i zerwał ze swym ojcem. Gdy Franciszek skończył naprawianie Porcjunkuli, jego serce było wypełnione młodzieńczą gorliwością, ale w rzeczywistości jeszcze niespokojne i poszukujące. Starał się odnaleźć odpowiedź na pytanie, CZEGO OCZEKUJE OD NIEGO SAM BÓG.
24 lutego 1208 roku w uroczystość św. Maciej Apostoła w czasie mszy św. w tym ubogim kościele Franciszek usłyszał słowa Ewangelii: „Idźcie i głoście: »Bliskie jest już królestwo niebieskie (…). Darmo otrzymaliście, darmo dawajcie! Nie zdobywajcie złota ani srebra, ani miedzi do swych trzosów. Nie bierzcie na drogę torby ani dwóch sukien, ani sandałów, ani laski (…). Wchodząc do domów, mówcie: pokój, pokój!«” (Mt 10,7-12). Słowa te były dla Franciszka jak uderzenie piorunem. Po skończonej mszy poprosił kapłana o szczegółowe wyjaśnienie. Ten zaś wszystko po kolei mu wyłożył.
Biedaczyna z Asyżu wziął te słowa do siebie jako nakaz Chrystusa. Co więcej, tak bardzo się ucieszył, że wypowiedział swoje największe i nieodwołalne „TAK” porównywalne ze zwiastowaniem Maryi. „TO JEST TO, CZEGO CHCĘ, TO JEST TO, CZEGO SZUKAM, TO PRAGNĘ CZYNIĆ CAŁYM SERCEM”.
Dlatego zdjął swoje odzienie pustelnika, pozbył się tego, co miał podwójne, a począwszy od tej chwili, nie posługiwał się laską ani workiem, ani torbą i nie nosił obuwia. Przygotował sobie szatę z szorstkiego płótna, kształtem przypominającą krzyż, pas zamienił na zwykły sznur.
Franciszek czuł się jak ktoś, kto otrzymał wielki i niewyczerpany skarb i tym skarbem chciał dzielić się z innymi. Dlatego mówił ludziom o Bogu, zachęcał ich do tego, by Go kochali, by pokutowali za grzechy, a jego słowa nie były ani puste, ani śmieszne, lecz pełne Ducha Świętego i wnikały w głąb serca.
Biedaczyna stawał się znany dzięki prostocie swej nauki, ale przede wszystkim dzięki prawdzie swojego życia. Zafascynowani postawą Franciszka zaczęli przyłączać się do niego kolejni towarzysze: Bernard, Piotr, Idzi. Gdy było ich już dwunastu, nazwali siebie braćmi mniejszymi, a za cel postawili sobie pokutę i głoszenie Dobrej Nowiny. Mieszkali przy kościółku Matki Bożej Anielskiej, każdy dzień wykorzystując na modlitwę i pracę. Służyli sobie nawzajem i troszczyli się jeden o drugiego.
Dwunastu pierwszych franciszkanów udało się do Rzymu, by prosić papieża Innocentego III o zatwierdzenie ich sposobu życia i błogosławieństwo, co uzyskali 16 kwietnia 1209 roku. W drodze powrotnej zatrzymali się i osiedlili w Rivotorto.
W 1211 roku Franciszek z coraz liczniejszymi towarzyszami wrócił do Porcjunkuli i założył tu pierwsze „miejsce” franciszkańskie: nazwał je miejscem, a nie klasztorem, ponieważ słowo „klasztor” sugerowało jakiekolwiek posiadanie i stabilizację. Wokół kapliczki, w lesie, wyrosły posplatane z gałęzi i ulepione z gliny szałasy, gdzie bracia spali na workach wypełnionych słomą. Porcjunkula była miejscem zebrań i wspólnej modlitwy, a św. Franciszek był przekonany, że ten ubogi kościółek został umiłowany przez Matkę Bożą bardziej niż wszystkie inne miejsca i kościoły na świecie.
Biedaczyna poprosił benedyktynów o przyznanie braciom kapliczki. Właściciele kościółka, widząc zaangażowanie Franciszka, postanowili oddać mu Porcjunkulę na własność. On jednak, posłuszny zasadzie ubóstwa, nie chciał mieć niczego w posiadaniu, dlatego postanowił wydzierżawić ją od nich. Ceną za „wynajem” był koszyk małych ryb zwanych ślizami, złowionych w strumieniu Tescio, dawany benedyktynom co roku. Gdy bracia zanosili ryby mnichom, ci – ze względu na pokorę błogosławionego Franciszka, który robił to z własnej woli – w zamian ofiarowywali w darze jemu i jego braciom naczynie pełne oliwy. Zwyczaj tej „wymiany” zachował się do dzisiaj.
W taki to oto sposób Porcjunkula stała się domem macierzystym zakonu św. Franciszka i odtąd kościółek nigdy nie został przez braci opuszczony. Tutaj w noc poprzedzającą Niedzielę Palmową w marcu 1212 roku młoda Klara, która uciekła z domu rodzinnego, złożyła śluby zakonne, dając w ten sposób początek zakonowi klarysek zwanych „Ubogimi Paniami”.
To tutaj podczas modlitwy Franciszka w poczuciu potrzeb wszystkich ludzi tamtych czasów dojrzała w nim idea założenia Świeckiego Zakonu Franciszkańskiego, czyli Trzeciego Zakonu, która umożliwiła każdemu mężczyźnie i każdej kobiecie uczestniczenie w Franciszkowym projekcie życia ewangelicznego.
Także tutaj pewnej lipcowej nocy 1216 roku Franciszek miał widzenie, w czasie którego Pan Jezus i Najświętsza Maryja Panna dali mu nadzwyczajną obietnicę. W zamian za jego i braci gorliwość w staraniu o zbawienie dusz pragnęli udzielić mu nadzwyczajnych łask, jakich będzie oczekiwał. Biedaczyna poprosił więc o odpust, aby wszyscy, którzy w ciągu wieków udadzą się na modlitwę do Matki Bożej Anielskiej, otrzymali całkowite darowanie win zwane odpustem Porcjunkuli. Z tego powodu Bazylika i sanktuarium asyskie nabrały tak wielkiej sławy w świecie chrześcijańskim. Papież Honoriusz III udzielił odpustu zupełnego na dzień przypadający w rocznicę poświęcenia kaplicy, które odbyło się 2 sierpnia 1216 roku. Z czasem odpust ten został rozszerzony na kościoły franciszkańskie, a w 1967 roku także na wszystkie kościoły parafialne.
Wokół Porcjunkuli dwa razy do roku na Zielone Świątki (Zesłanie Ducha Świętego) i w uroczystość św. Michała bracia zbierali się podczas kapituły. Radzili nad tym, w jaki sposób mogą lepiej zachowywać regułę, a Franciszek kierował do nich napomnienia, nagany i polecenia, które wydawały mu się zgodne z zamiarami Pana. Najsłynniejsza kapituła odbyła się wiosną 1221 roku i zgromadziła ok. 5 tys. braci reprezentujących wspólnoty zakonne z całej Europy. Zamieszkali oni w szałasach splecionych z gałęzi wierzbiny i rogoży, stąd pochodzi nazwa „kapituła szałasów” lub „rogoziana”. Ludzie zdumiewali się widokiem tak wielkiego zgromadzenia, podczas którego wszyscy byli pochłonięci modlitwą albo rozmową o Bogu. Kardynał Hugolin odprawiał dla nich msze św., a mieszkańcy przynosili dary, by zgromadzeni nie cierpieli głodu. Przybył też św. Dominik z kilkoma braćmi.
Święty Franciszek do końca był związany z kościółkiem Matki Bożej Anielskiej. Kilka miesięcy przed swoją śmiercią powiedział do swoich towarzyszy: „Baczcie synowie, byście kiedyś nie opuścili tego miejsca. Jeśliby was wyrzucono na zewnątrz z jednej strony, wchodźcie z powrotem z drugiej, bo miejsce to jest naprawdę święte i mieszkaniem Boga. Tutaj, gdy byliśmy nieliczni, Najwyższy pomnożył nas w liczbę, tutaj zapalił naszą wolę ogniem swojej miłości, tutaj każdy, kto będzie się modlił pobożnym sercem, otrzyma to, o co będzie prosił, a ten kto zgrzeszy, srożej będzie karany. Dlatego, wszyscy synowie, uważajcie to miejsce mieszkania Boga za godne czci i tutaj z całego serca uwielbiajcie Pana i dziękujcie Mu” (1 Cel 105-106). Franciszek zakończył swoje życie w Porcjunkuli 3 października 1226 roku. Przed śmiercią śpiewał razem z braćmi zebranymi wokół niego „Pieśń słoneczną”.
W 1415 roku św. Bernardyn ze Sieny osadził na tym miejscu swoich synów duchowych – obserwantów. Wystawili oni tu spory klasztor, a także okazały kościół. W latach 1569-1678 zbudowano świątynię, którą do dziś możemy podziwiać. Ma ona okazałą fasadę z figurą Matki Bożej na szczycie. Bazylika otacza swoimi białymi murami, jak skrzydłami, kościółek Porcjunkuli, zachowany w stanie surowym jak za czasów Franciszka. W maleńkim ogrodzie rosną róże bez kolców. Rozległy i wysadzony drzewami plac przed Bazyliką ma przypominać las, który kiedyś otaczał małą kaplicę Matki Bożej Anielskiej.
11 kwietnia 1909 roku papież Pius X podniósł kościół Matki Bożej Anielskiej do godności bazyliki patriarchalnej i papieskiej. Wierna kopia Porcjunkuli znajduje się w obrębie zespołu kościelno-klasztornego oo. franciszkanów-reformatów w Wieliczce.