Na ten widok błogosławiony sługa Najwyższego napełniony został niezmiernym podziwem, ale co miałoby znaczyć to widzenie, nie wiedział. Cieszył się bardzo i radował niewymownie, gdy widział, że Serafin patrzy nań ze słodyczą i miłością ; jego piękno było nie do opisania, ale przerażało owo przybicie do krzyża i srogość tej męki. Franciszek powstał więc – by tak rzec – radosny i smutny zarazem, bo radość i smutek na przemian go przenikały. Usilnie rozważał, cóż miałoby znaczyć to widzenie i dlatego był bardzo zaniepokojony. Gdy jednak nadal wyraźnie niczego nie rozumiał i pozostawał zaniepokojony niezwykłością widzenia, oto na jego rękach i nogach zaczęły się ukazywać znaki gwoździ, jakie przed chwilą widział u męża ukrzyżowanego.

Jego ręce i nogi były przebite w środku gwoźdźmi. Główki gwoździ wystawały od strony wewnętrznej rąk i wierzchniej stóp, a końce – z przeciwnej strony. Znaki te na rękach były okrągłe od wewnątrz, na zewnątrz zaś podłużne i wyglądały jak końce gwoździ, utworzone jak gdyby z narośli ciała, stępione i zagięte. Na stopach wyciśnięte były podobne znaki wystających gwoździ. Także na prawym boku. jakby przebitym włócznią, widniała rana, z której często płynęła krew, tak że jego tunika i spodnie wielokroć zraszane były świętą krwią.

Gdy jeszcze żył ukrzyżowany sługa Pana Ukrzyżowanego, niewielu tylko zasłużyło, by oglądać tę ranę w boku. Szczęśliwy brat Eliasz, który mógł ją zobaczyć za życia Świętego. Ale nie mniej szczęśliwy Rufin, który jej dotykał własnymi rękami. Gdy bowiem jednego razu położył rękę na piersi świętego męża, aby zrobić mu masaż, ręka zsunęła mu się na prawy bok, co często się zdarza, i wówczas przypadkiem dotknął owej rany. Z powodu tego dotknięcia Franciszek poczuł wielki ból i odpychając rękę Rufina od siebie zawołał, by Pan mu przebaczył. Bardzo pilnie ukrywał rany przed obcymi, lecz także z wielką przezornością osłaniał przed przyjaciółmi, tak że nawet jego najbliżsi współbracia i najbardziej gorliwi naśladowcy przez długi czas nic nie wiedzieli o tym cudzie.

A chociaż sługa i przyjaciel Najwyższego widział się obdarzony tak wielkimi skarbami, jakby najcenniejszymi perłami, i ozdobiony chwałą i czcią bardziej niż ktokolwiek z ludzi, nie wynosił się jednak w sercu swoim, nie zabiegał, by się komuś przypodobać przez pragnienie próżnej chwały, lecz – by ludzka cześć nie odebrała mu udzielonej łaski jak umiał, wszelkimi sposobami starał się ją ukryć” (Tomasz z Celano, „Żywot pierwszy św. Franciszka” 94-95).